• 1535 - Entdeckung durch die Spanier; danach zeitweise Fluchtort für Seeräuber
• 1832 - Annektion durch Ecuador und erste dauerhafte Besiedlung
• 1835 - Darwins Forschungsreise

Die Inselgruppe wurde zunächst als 'Islas Encantadas' (Verzauberte Inseln) genannt, da niemand so weit draußen in dem Ozean noch Inseln vermutet hätte und starke Strömungen in und um die Inseln herum bei den Seefahrern leicht den Eindruck erwecken konnten, die Inseln selbst änderten stets wieder ihre Lage. Erst in dem 19. Jahrhundert benannte man die Inseln nach den dort vorkommenden Riesenschildkröten in 'Galapagos' um.

Die Galápagos-Inseln sind vulkanischen Ursprungs. Die tektonische Platte (Nazca-Platte), auf der die Inseln liegen, bewegt sich über eine Magmakammer, die auch heute noch vulkanische Aktivität auf einer Reihe der Inseln bewirkt.

Obwohl die Inseln in der Nähe des Äquators liegen, ist das Klima aufgrund des mit 20 Grad Celsius relativ kühlen Meerwassers (vom Humboldtstrom und von aufsteigendem Tiefenwasser) eher gemäßigt. Dieses nährstoffreiche Tiefenwasser wiederum ist verantwortlich für den Artenreichtum um die Insel herum.

Die Galápagos-Inseln kennen eine Regenzeit, die mit einem Gipfel in dem April von Januar bis Juni dauert. Das übrige Jahr fällt fast kein Niederschlag.

In so genannten El-Niño-Jahren verändern sich sowohl die Meeresströmungen als auch die Niederschlagsmengen. Das ausbleibende Tiefenwasser dezimiert alle auf das Meer angewiesenen Arten, während die hohen Regenmengen ein überdurchschnittliches Pflanzenwachstum und einen daraus folgenden Tierreichtum auf den Inseln zur Folge haben.

Aufgrund ihrer Entfernung von anderen Landmassen zeichnen sich die Galápagos-Inseln durch eine Vielzahl endemischer Tier- und Pflanzenarten aus. Leider haben die Einführung fremder Arten sowie die Jagd in dem 19. Jahrhundert viele dieser einzigartigen Tierarten (z. B. die riesigen Landschildkröten ) fast zu dem Aussterben gebracht.

Die Galápagos-Inseln sind insbesondere durch Charles Darwin bekannt geworden, dessen Evolutionstheorie dort eine Reihe von Anstößen erhielt.

Heute bieten die Galápagos-Inseln ein ideales Freilandlabor zur Beobachtung der Evolution. Insbesondere die Arbeiten von Rosemary and Peter Grant über einige Arten der Darwinfinken gelten als bahnbrechend. Auf einigen der kleinen Inseln war es ihnen möglich, über mehr als 20 Jahre hinweg jedes der bis zu 2 Tausend Individuen der dort lebenden Finken durch Beringen zu verfolgen. Entgegen ihrer Erwartungen (und denen der übrigen Fachwelt) konnten sie den Einfluss der natürlichen Selektion auf die Finkenpopulationen in diesem kurzen Zeitraum nachweisen.